Le cose cambiarono nettamente nel 1877, quando il cavalier Cuciniello decise di donare al Museo il suo Presepe da collezione, composto da oltre 3000 pezzi. Ciò portò un notevole afflusso di visitatori al Museo ed una conseguente rinascita, che spinse molti dei più famosi collezionisti di arte presepiale a donare le proprie raccolte.
Oltre alla sezione dedicata ai presepi, non si può non ammirare la sala dedicata alle Carrozze reali con la Carrozza degli Eletti, la più antica della citta, e la Carrozza di Maria Cristina di Savoia.
Visitando il primo livello del museo si incontra il Quarto del Priore, gli appartamenti del Priore stesso, ricco di mosaici, dipinti, statue, cineserie: una perfetta antologia di quanto più elegante ci fosse nell’arredamento della Napoli settecentesca. Da queste stanze si accede anche ai giardini della Certosa, da dove si può ammirare un paesaggio mozzafiato, in una delle visuali più suggestive della città.
Al primo livello abbiamo anche la Farmacia (con i cicli di affreschi raffiguranti San Bruno che intercede presso la Vergine per l’umanità inferma), la Sezione Navale con la Lancia a ventiquattro remi, il Caicco turco e la Lancia di Umberto; le sezioni dedicate all’opera e quella riguardante i ricordi storici del Regno di Napoli.
Al secondo livello troviamo la Galleria dell’Ottocento (una ricca pinacoteca delle opere dell’800 napoletano) la sezione teatrale, la sezione Alisio e la sezione delle stampe e disegni.
Infine, nel museo, sono conservati anche tre antichissimi orologi solari, necessari a scandire la vita dei monaci che abitavano la Certosa.